《办法》规定，中国证监会及其派出机构依法履行职责，有权冻结、查封涉案当事人的违法资金、证券等涉案财产或者重要证据。在提交申请，并报证监会主要负责人批准后，由执法人员实施。《办法》于２００６年１月１日正式实施。
中国证监会有关负责人表示，证券违法犯罪案件危害易于扩大、蔓延，证据容易毁损、灭失，资金容易隐匿、转移，如不及时制止和控制，不仅案件本身难于查证，难于处罚，还可能引发系统性风险，危及市场的安全运行。基于这些考虑，绝大多数国家或地区都赋予证券监管部门必要的行政执法权，使其在监管中可以采取必要的强制措施。这次《证券法》修改，全国人大常委会授予证监会这项权力，就是要建立国际通行的制度。
《办法》规定，证监会案件调查部门、案件审理部门及派出机构在对证券违法案件进行调查、审理或者执行时，发现存在下列情形之一的，可以申请冻结、查封：已经转移、隐匿违法资金、证券等涉案财产的；可能转移、隐匿违法资金、证券等涉案财产的；已经隐匿、伪造、毁损重要证据的；可能隐匿、伪造、毁损重要证据的等。
《办法》还详细规定了上述被视为可能转移或者隐匿违法资金、证券等涉案财产的情形：涉案当事人本人开立的资金账户、证券账户和银行账户或由其实际控制的资金账户、证券账户和银行账户，以及与其有关联的资金账户、证券账户和银行账户中存放的违法资金、证券，部分已经被转移或者隐匿的；被举报的违法资金、证券等涉案财产已经或者将要被转移、隐匿并提供具体的转移或者隐匿线索的；通过与他人签订合同等形式，拟将违法资金、证券等涉案财产作为合同标的物或者以偿还贷款、支付合同价款等名义转移占有的；其他有证据证明有转移或者隐匿违法资金、证券等涉案财产迹象的。
《办法》强调，冻结、查封的期限为六个月。因特殊原因需要延长的，应当在冻结、查封期满前１０日内办理继续冻结、查封手续。每次继续冻结、查封期限最长不超过六个月。账户被冻结后，证券持有人提出出售部分或者全部被冻结证券的请求，经申请部门审查认为确有必要的，可以将该部分或者全部被冻结证券解冻，并监督证券持有人依法出售，同时将出售证券所得资金予以冻结。